ליקויי למידה במתמטיקה, מקורם בחסכים בתהליכים פסיכולוגיים: קשיים בתפיסה מרחבית, בתפיסה חזותית ובהכרת סמלים; מיומנויות שפה ותקשורת דלות; זיכרון קצר; ואסטרטגיות למידה קוגניטיביות שאינן יעילות או אינן מותאמות. היכולת לספור, להתאים, להשוות ולהבין הקשרים, תלויה בהתנסויותיו של הילד במשחקים שונים. לדוגמה ילד עם קשיי קשב וריכוז, נוטה פחות מילדים אחרים, להשתתף בפעילויות הדורשות מיקוד, דיוק, מיון והתאמה, וילד שהתפתחותו המוטורית מעוכבת, נוטה פחות להשתתף בפעילויות מרחביות המתוות את הדרך להבנה מרחבית ולתפיסת צורות, מרחקים וכמויות.
לפיכך, ניתן למצוא בקרב ילדים עם ליקויי למידה, חסך במיומנויות יסוד כדוגמת יכולת מיון, שימור, התאמה או יצירת סדרות. כך, נוצר מעין מעגל קסמים: בשל לקות מולדת וקשיים קוגניטיביים נוטה הילד להימנע מפעילויות הדורשות מיומנויות אלה, ובגלל ההתנסויות המועטות, גוברים קשייו.
נוסף על כך, תלמידים עם ליקויי למידה במתמטיקה, מצויים בסיכון רב יותר לחסך באסטרטגיות מילוליות, לשיבושים בתפיסה החזותית – מרחבית ולהפרעות בזיכרון, והם מתקשים בהעברת אינפורמציה מילולית ומספרית למשוואות ולאופרציות מתמטיות. תלמידים אלה, מרבים להשתמש בשיטת הניסוי והטעיה בפתרון בעיות מתמטיות ומתקשים להסביר בעיות או להמחישן.