מבנה הארגון

• אגודת ניצן הנה מלכ"ר המאגדת בתוכה 12 עמותות עצמאיות, מרכז ארצי שאליו מסונפים 21 סניפים, מרכז ארצי לאבחון והדרכה, מכון להכשרת בוגרים – "אונים" ועשרות מערכי דיור בקהילה. 
  
  
• הפריסה הארצית של סניפי ניצן: אופקים, אילת, אשדוד, אשקלון, באר שבע, בית שאן, דימונה, הרצליה, רעננה, כפר-סבא, חדרה, חולון, חיפה, טבריה, יהוד, ירוחם, ירושלים, כרמיאל, מגדל העמק, מודיעין, משגב, נס-ציונה, נהריה, נצרת עילית, נתניה, עפולה, ערד, פתח-תקווה, קריות, ראשל"צ, רחובות, רמת גן ותל אביב.
  
  
• האגודה מנוהלת ע"י יו"ר והנהלה ארצית המורכבת מנציגי סניפים ואנשי ציבור מתנדבים. ההנהלה מונה 11 חברים כולל יו"ר. להנהלה מסייעות ועדות שונות ביניהן: ועדת כספים, ועדה מקצועית ועוד. האגודה מבוקרת ע"י גוף מבקר חיצוני בהתאם לדרישות חוק העמותות.
  ההנהלה נבחרת ע"י נציגי הסניפים באמצעות אסיפה כללית, כאשר היו"ר נבחר בבחירות אישיות. הבחירות נערכות כל 3 שנים.
  כל סניף מנוהל ע"י הנהלת מתנדבים ובראשם יו"ר, רכז/ת ואנשי המקצוע, מהטובים בארץ לנושא לקויות למידה. 
  
  

הרחבה במסגרת "תקנון העמותה"

וועד מנהל
אלול עפרה, יו"ר האגודה
אוגד איתן
בנישתי שלמה
בר ניר רחל
וינוקור איליה
זרגרי מוטי
יפה גאולה
ד"ר לין רן
מחפוד שלום
קרוצ'י בני
רצאבי בני

בעלי תפקידים
מנכ"לית - ד"ר מלי דנינו
חשב - גיל היילפרן
יועץ משפטי - עו"ד אופיר כץ
רואה חשבון - ברזילי ושות'

וועדת ביקורת
ברלין סילביה
ניסן רונן

וועדת כספים
דנינו מלי, מנכ"ל
היילפרן גיל, חשב
בנישתי שלמה
יפה גאולה
לוין אהרון
פוטרמן אלברט
רצאבי בני

וועדת מלגות
ז'ק אילנה
מחפוד שלום
רצאבי בני

(השמות מופיעים לפי סדר ה-א'-ב')